無菌實驗室建成投入使用后，為了保證實驗的穩步進行，維護實驗室的良好秩序，需要對實驗室進行規范化和制度化的管理。
1 日常管理
實驗室指定人員進行管理，主要負責實驗室的全面控制和操作人員的培訓，并準確記錄使用情況。所有進入無菌實驗室的人員必須經過培訓，明確使用方法和注意事項，嚴格按照要求穿著工作服。同時，管理員需要每天嚴格記錄實驗室內的儀器和藥品，并對實驗室內的溫度、濕度、風機等數據進行準確的監測。
2 潔凈管理
清潔管理主要是無菌實驗室的無菌狀態。
（1）人員清潔管理。首先，進入無菌實驗室的操作人員必須在更衣室內穿戴無菌清潔衣物、無菌口罩、無菌手套等，并在緩沖室進行消毒。其次，在交替進入培養室和無菌室的過程中，還應對操作者進行緩沖消毒，以防止交叉傳播，影響實驗進行。
（2）物料清潔管理。走廊與文化室、文化室、無菌室之間設有帶消毒裝置的傳遞窗。其主要目的是方便不同地區的實驗室人員運送物品，而消毒裝置的目的是確保物品在傳送過程中能被排毒和清潔。
（3）操作要求
使用無菌實驗室的操作人員必須嚴格按照實驗室操作要求進行實驗。無菌實驗室必須首先滿足無菌實驗的使用條件。使用者必須服從管理人員的指揮，保證生命安全和實驗的準確進行。試驗后的廢棄物應及時處理到指定地點，并清理試驗場地和設備。后期，要確保房間清潔，安排專人每天進行清潔消毒，確保無塵，減少污染。
